מערת יוחנן המטביל נמצאת במטעי קיבוץ צובה.המערה למעשה - בור מים חצוב,גדול מאוד ואחד המשוכללים מסוגו, ששינה את תפקודו לאורך השנים. בימי בית ראשון שימש הבור לאגירת מים לצרכים חקלאיים ולתעשיית כלי חרס.לאחר חורבן בית ראשון וחידוש היישוב הייהודי במקום לאחר שיבת ציון,שימש כמקווה טהרה.במאה הרביעית לספירה הפך המקום לאתר עליה לרגל ופולחן ליוחנן המטביל,ועל קירותיו נחרתו ציורים הקשורים ליוחנן או לנצרות. עם כיבוש האזור על ידי המוסלמים ננטש המקום והפך ל"מזבלה" לחקלאי האזור. מאז שנת 2000 מתבצעות במקום חפירות על ידי ד"ר שמעון גיבסון ואוניברסיטת צפון קרולינה.